Mit dem Preis wird der beste wissenschaftliche Artikel in einem Senckenberg-Publikationsorgan geehrt. Der Preis wird einmal jährlich für eine Publikation aus dem Vorjahr verliehen und ist mit 6.000 EUR dotiert. Alle „Editors-in-Chief“ und verantwortliche*n Redakteur*innen Senckenbergs sind berechtigt, bis zum 1. April jedes Jahres preiswürdige Publikationen vorzuschlagen. Das Preiskomitee wird von den Wahlmitgliedern des Wissenschaftlichen Beirats von Senckenberg gebildet. Der*die Preisträger*in wird im Senckenberg-Wissenschaftsmagazin „Natur • Forschung • Museum“ bekannt gegeben. Die offizielle Preisverleihung des Alexander-von-Humboldt-Gedächtnispreises findet im Rahmen einer offiziellen Senckenberg-Veranstaltung statt.