Nach dem Verzicht auf eine Deponie in der Grube Messel im Jahr 1990 und dem Kauf der Grube im Juni 1991 entschied sich das Land Hessen, Senckenberg als besonders erfahrene Partnerin in Sachen Messel zur Betreiberin der Grube zu gewinnen.
Ein Jahr später, am 24. Juni 1992, unterzeichneten das Land Hessen und Senckenberg einen Vertrag zwecks Erhaltung der Grube als einzigartige Fossilienfundstätte; die Senckenberg wird mit Wirkung vom 1. Juli 1992 Betreiberin der Grube Messel im Sinne des Bundesberggesetzes. Bund und Land finanzieren dies gemeinsam über den Haushalt des Senckenberg Forschungsinstitut und Naturmuseum Frankfurt/M.
Ab 1983 diente ein von der YTONG-AG angemietetes Haus als senckenbergische Außenstelle direkt an der Grube Messel. 1992 wurde es durch die SGN gekauft und in den folgenden Jahren zur Forschungsstation umgebaut. Hier befinden sich die Präparation mit Nasslabor, ein Röntgenlabor, Büroräume für die technischen und wissenschaftlichen Mitarbeiter*innen, ein Vortragsraum/Sitzungszimmer, sowie eine Hausmeisterwohnung.
Die Forschungsstation ist der Arbeitsplatz der Mitarbeiter*innen der Grabung und Präparation sowie der Sitz der Sektion Paläoentomologie.
