Im Zuge der Angliederung der Weimarer Quartärpaläontologie an das Forschungsinstitut Senckenberg wurde im Jahr 2000 zunächst die Sektion Quartäre Pflanzen gegründet. Damit konnten die Traditionen Weimarer paläobotanischer Forschung, die ihren Ursprung in den zahlreichen Pflanzenresten der Travertinfundstellen Thüringens findet, wieder aufgenommen werden.
Mit der Einrichtung einer weiteren paläobotanischen Sektion in Weimar (Quartäre Makrofloren) erfolgten im Jahr 2008 die Umbenennung der Sektion Quartäre Pflanzen in Quartäre Mikrofloren sowie die wissenschaftliche Fokussierung auf palynologische Themen.
Die in dieser Sektion durchgeführten Projekte sind dem Senckenberg Forschungsbereich Biodiversität und Klima zugeordnet.
