Sektion

Meta-OMICS

Süd-Wales, (Ogof Valley, South Wales, UK)

Die Forschungsgruppe Meta-OMICS ist der Abteilung Terrestrische Zoologie des Senckenberg Forschungsinstitu und Naturmuseum Frankfurt untergeordnet.

In der Meta-OMICS-Gruppe verwenden wir Hochdurchsatz-Sequenzierungsansätze, um die Vielfalt und Evolution einer Vielzahl von Tiertaxa zu untersuchen, wobei unser besonderes Interesse aquatischen und semi-aquatischen Gruppen gilt. Extreme Umgebungen wie die Polarregionen und Tiefsee-/unterirdische Lebensräume bieten hervorragende Voraussetzungen für die Untersuchung von öko-evolutionären Wechselwirkungen und Mechanismen der Umweltanpassung. Unsere Arbeit umfasst die Entwicklung von Methoden für die Umweltüberwachung und das genomische Biomonitoring, wie z. B. die Entwicklung von Protokollen und neuartigen Anwendungen von eDNA-Metabarcoding, Metagenomik bis hin zur Referenzgenomsequenzierung und vergleichenden Analyse. Wir nutzen Bioinformatik für die Analyse großer Datensätze und die Einrichtung von Pipelines für die HTS-Datenverarbeitung.

Forschung

Publikationen

For a full list of publications see Google Scholar page.

Bista, I.*, Wood, J. M. D., Desvignes, T., McCarthy, S. A., Matschiner, M., Ning Z., Tracey A., Torrance J., Sims Y., Chow W., Smith M., Oliver K., Haggerty L., Salzburger W., Postlethwait J.H., Howe K., Clark M.S., Detrich III H.W., Cheng C.H.C., Miska E.A., Durbin R.*, (2023). Genomics of cold adaptations in the Antarctic notothenioid fish radiation, Nature Communications, 14, 3412. (*Corresponding author).

Formenti G., Theissinger K., Fernandes C., Bista I., Bombarely A., Bleidorn C., Ciofi C., Crottini A, Godoy J.A., Höglund J., Malukiewicz J., Mouton A., Oomen R. A., Paez S., Palsbøll P. J, Pampoulie C., Ruiz-López M.J, Svardal H., Theofanopoulou C., deVries J., Waldvogel A.M., Zhang G., Mazzoni C.J., Jarvis E.D., Bálint M., and The European Reference Genome Atlas (ERGA) Consortium. (2022). The era of reference genomes in conservation genomics. Trends in Ecology & Evolution, 37(3), 197–202.

Dahn H. A., Mountcastle J., Balacco J., Winkler S., Bista I., Schmitt A. D., Vinnere-Pettersson O., Formenti G., Oliver K., Smith M., Tan W., Kraus A., Mac S., Komoroske L. M., Lama T., Crawford A. J., Murphy R. W., Brown S., Scott A. F., Morin P. A, Jarvis A. D., Fedrigo O. (2022). Benchmarking ultra-high molecular weight DNA preservation protocols for long-read and long-range sequencing. GigaScience, Vol. 11, (2022), giac068.

Rhie A., McCarthy S. A., Fedrigo O., Damas J., Formenti G., Koren, S., Uliano-Silva M., Chow W., Fungtammasan A., Kim J., Lee C., Ko B. J., Chaisson M., Gedman G. L., Cantin L. J., Thibaud-Nissen F., Haggerty L., Bista I., Smith M., … Jarvis E. D. (2021). Towards complete and error-free genome assemblies of all vertebrate species. Nature, 592(7856), 737–746.

Bohmann K., Elbrecht V., Carøe C., Bista I., Leese, F., Bunce M., Yu D.W, Seymour M., Dumbrell A.J., Creer S. (2022). Strategies for sample labelling and library preparation in DNA metabarcoding studies. Molecular Ecology Resources, 22(4), 1231–1246.

Bista I.*, Carvalho G. R., Tang M., Walsh K., Zhou X., Hajibabaei M., Shokralla S., Seymour M., Bradley D., Liu S., Christmas M., Creer S.* (2018). Performance of amplicon and shotgun sequencing for accurate biomass estimation in invertebrate community samples. Molecular Ecology Resources, 1–15 (*Corresponding author).

Bista I. *, Carvalho G.R., Walsh K., Seymour M., Hajibabaei M., Lallias D., Christmas M., Creer S.* (2017). Annual time-series analysis of aqueous eDNA reveals ecologically relevant dynamics of lake ecosystem biodiversity. Nature Communications, 8, 14087 (*Corresponding author).