Das Herbarium Haussknecht wurde 1896 von Carl Haussknecht (1838–1903) in Weimar als private Einrichtung gegründet, in der die umfangreichen Sammlungen des Gründers in einem separaten Gebäude, gleichwohl der Öffentlichkeit zugänglich, untergebracht waren. Nach dem Tod von Haussknecht im Jahre 1903 und der Einrichtung einer Stiftung aus seinem Nachlass wurden die Sammlungen von Joseph Bornmüller (1862–1948) gepflegt und erweitert. Nach dem Zweiten Weltkrieg erfolgte die Verlegung der Sammlungen nach Jena sowie die Angliederung an das Institut für Systematische Botanik der Friedrich-Schiller-Universität Jena, dem sie seit den 1920er Jahren offiziell angehören. Derzeit beherbergt das Herbarium Haussknecht ungefähr 3,5 Millionen Pflanzenbelege und ist eines der großen europäischen Herbarien.
Es ist die umfangreichste Einrichtung dieser Art in Deutschland. Mit mehr als drei Millionen Belegen getrockneter Pflanzen, der rund 170.000 bibliographischen Einheiten umfassenden Bibliothek und dem umfangreichen Archiv gehört das Herbarium Haussknecht der Universität Jena zu den 20 größten Herbarien weltweit