Samenpflanzen (Spermatophyta)
Mit rund zwei Dritteln nehmen die Samenpflanzen den größten Teil der Sammlungen des Herbariums Haussknecht ein. Die Sammlung ist weltweit ausgelegt; der Sammelschwerpunkt liegt auf Mitteleuropa, speziell auf Deutschland und die unmittelbar angrenzenden Regionen von Polen, der Tschechischen Republik, der Slowakei, der Schweiz, von Österreich und von Nord-Italien. Aufgrund seiner Geschichte und durch die Aktivitäten seines Gründers (Carl Haussknecht, 1838–1903) und ersten nachfolgenden Kurators (Joseph Bornmüller, 1862–1948) verfügt das Herbarium Haussknecht über sehr bedeutende historische Sammlungen aus Vorderasien. Diese wurden nachfolgend durch zahlreiche Sammelreisen nach Südosteuropa (Griechenland, Albanien) und in den kaukasischen Raum ergänzt. Durch ein 1974 vereinbartes gemeinsames Forschungsprojekt zur Flora von Kuba steht heute im Herbarium Haussknecht die bedeutendste Sammlung kubanisches Pflanzen außerhalb Amerikas für Forschungen zur Verfügung.
Die Sammlung wird gegenwärtig neu aufgestellt, die bisherige faszikuläre Lagerung aufgelöst und eine moderne Sortierung nach Pflanzenfamilien und aktuellen Gattungskonzepten vorgenommen. Die Typusbelege sind zu einem großen Teil erfasst; die Datenbank wird regelmäßig aktualisiert und erweitert.
Farne (Pteridophyta)
Die Farnsammlung gehört zu den kleineren Teilsammlungen des Herbariums Haussknecht und gliedert sich in ihrem historischen Werdegang im Wesentlichen an die Sammlung der Samenpflanzen an. Geographisch liegt der Fokus auf Mitteleuropa. Die Farne sind gegenwärtig noch systematisch nach einem älteren Konzept sortiert und werden fascikulär gelagert. Im Zuge einer Neuaufstellung ist wie bei allen anderen Kryptogamengruppen eine alphabetische Sortierung nach Gattungen geplant.
Moose (Bryophyta)
Die Moossammlung des Herbarium Haussknecht gehört mit ca. 700.000 Belegen international zu den größten und wertvollsten ihrer Art. Sie erlangte ihre Bedeutung vor allem durch das Wirken von Theodor Herzog (1880–1961) und dessen Schüler Riclef Grolle (1934–2004) an der Universität Jena. Die Sammlung ist weltweit ausgelegt; ein leichter Schwerpunkt liegt auf Europa und Latein-Amerika. Durch den Erwerb des Herbariums von Karl Schliephacke (1834–1913) gelangte eine überdurchschnittlich hohe Zahl wertvoller Typen nach JE. Die Erfassung der Typen ist gegenwärtig nahezu abgeschlossen und wird regelmäßig aktualisiert. Die Sammlung ist alphabetisch nach Gattungen aufgestellt; modernere taxonomische Konzepte werden weitestgehend regelmäßig in der Sammlung nachvollzogen.
Flechten (Lichenes)
Die Flechtensammlung ist eine der kleineren Teilsammlungen des Herbarium Haussknecht. Historisches Kernstück ist die Sammlung von Walter Migula mit zahlreichen Typen. Geographisch liegt der Schwerpunkt auf Mitteleuropa. Die Sammlung ist alphabetisch nach Gattungen aufgestellt; die Typen sind gegenwärtig nur rudimentär erfasst.
Pilze (Fungi) incl. Gallen und Minen
Die Pilzsammlung ist ebenfalls eine der kleineren Teilsammlungen des Herbarium Haussknecht. Sie ist alphabetisch nach Gattungen aufgestellt; die Typen sind gegenwärtig nur rudimentär erfasst. Größte Einzelsammlung ist mit ca. 95.000 Belegen die von Herbert Buhr (1902–1968), die erst 2007 aufgenommen wurde und derzeit noch im Originalzustand vorliegt.
Algen (Algae)
Die relativ kleine, historisch aber bedeutsame Algen-Sammlung am Herbarium Haussknecht ist gegenwärtig nur teilweise erschlossen und wird kuratorisch nicht betreut. Sie steht nur bedingt für Ausleihen und wissenschaftliche Arbeiten zur Verfügung.
