Johann Wolfgang von Goethe (1749-1832) schreibt in seinen Ausführungen Ueber Kunst und Alterthum in den Rhein- und Mayn-Gegenden bereits über eine „treffliche Bibliothek“, die die „bedeutendsten aeltern anatomischen und physiologischen Buecher“ umfasst, welche Johann Christian Senckenberg selbst hier bereits zusammengführt hatte.
Die Gründung der Senckenbergischen Bibliothek in der Nachfolge der Senckenbergischen Stiftsbibliothek steht vor dem Hintergrund der beschränkten finanziellen Möglichkeiten der Senckenbergischen Naturforschenden Gesellschaft (SNG). Eine eigene Bibliothek aufzubauen überstieg zunächst die Kraft der Gesellschaft. 1824 willigte die Dr. Senckenbergische Stiftungs-Administration ein, die Bücher der SNG mit der Stiftsbibliothek zu vereinen. Im Verlauf der folgenden 180 Jahre bewährte sich die gemeinsame Bibliothek, die vom Forschungsinstitut und Naturmuseum Senckenberg u. a. im Tausch erworbene Publikationen zur Bestandserweiterung erhielt. Senckenberg setzte mit dem Beginn der Herausgabe eigener wissenschaftlicher Veröffentlichungen diese stets als Tauschgaben (ab 1852) ein.
Nachdem die Trägerschaft der Universitätsbibliothek von der Stadt Frankfurt zum Land Hessen wechselte, wurde die Universitätsbibliothek mit der Senckenbergischen Bibliothek vereinigt und trägt seit 2005 den Namen Johann Christian Senckenberg.
Die Entwicklung eigener Abteilungs- und Sektionsbibliotheken der SGN beginnt im Jahr 1900. Fachliteratur sollte in räumlicher Nähe verwaltet werden. Die Vielzahl kleinerer Spezialbibliotheken passte sich gut in die Forschungssammlungen ein. Inzwischen sind die nicht öffentlich zugänglichen, mit den jeweiligen Sammlungen verbundenenen Abteilungs- bzw. Sektionsbibliotheken am Standort Frankfurt mit ca. 366.000 Medieneinheiten auf eine beachtliche Größe gewachsen. (Stand: 2010)
Bis heute wird der Bestand der früheren Senckenbergischen Bibliothek – seit 2005 Universitätsbibliothek Johann Christian Senckenberg – über den Senckenberg Schriftentausch erweitert (s. Sondersammelgebiet Biologie der Universitätsbibliothek).
