Team

Leitet die Forschung im LOEWE TBG Projekt ‘Freshwater crayfish and their invasive disease in Europe’.

TBG-Project Kathrin Theissinger – LOEWE-Zentrum für Translationale Biodiversitätsgenomik (senckenberg.de)

Leitet die Forschung im Projekt ‘BE-Spring: Discovering Collembola biodiversity on grasslands with emerging genomic and metagenomic tools’ innerhalb der ‘Biodiversity Exploratories’.

Anna Merges arbeitet derzeit im Rahmen ihrer Promotion am Projekt ‚BE-Spring: Discovering Collembola biodiversity on grasslands with emerging genomic and metagenomic tools‘, das  Teil des DFG-geförderten Rahmenprojekts ‘Biodiversitäts-Exploratorien’ ist. Ziel ihres Projekts ist es, eine Genom-Referenzdatenbank für die häufigsten Arten im Boden vorkommender Springschwänze (SGRD) auf den Grünlandflächen der Biodiversitäts-Exploratorien, deren Beprobungsflächen über Nord-, Mittel- und Süddeutschland verteilt sind (im Biosphärenreservat Schorfheide-Chorin, im Nationalpark Hainich und im Biosphärenreservat Schwäbische Alb), zu etablieren. Mittels eines metagenomischen Ansatzes, der im Rahmen von ‚MetaInvert‘ erarbeitet wurde, will sie die Springschwanz-Gemeinschaften beschreiben und untersuchen, (1) wie Umweltfaktoren und die Intensivierung der Grünlandnutzung die Zusammensetzung und Funktionsweise der Springschwanz-Gemeinschaften beeinflussen und (2) wie diese Gemeinschaften mit anderen Organismen in Grünland-Ökosystemen zusammenhängen. Neben Miki Bálint sind auch Clément Schneider (Leiter der Sektion Apterygota, SGN Görlitz) und Peter Manning (Leiter der Arbeitsgruppe ‚Causes and Consequences of biodiversity change‘, SBiK-F) als Projekt-PIs beteiligt sowie das ebenfalls an den Biodiversitäts-Exploratorien beteiligte Team des Projekts RESOILIENCE als Kooperationspartner.

Als Teil des PHYTOARK unter Leitung des Leibniz-Instituts für Ostseeforschung Warnemünde (IOW) werde ich die historischen Artgemeinschaftsveränderungen von Phytoplankton in der Ostsee analysieren.

Lena Bonassin arbeitet an dem Projekt GEODE als Doktorandin. Im Rahmen ihrer Forschung untersucht sie die Evolution der Genomorganisation bei europäischen Flusskrebsarten und konzentriere mich dabei auf die vergleichende Betrachtung von Flusskrebsgenomen. Das Projekt zielt darauf ab, den Inhalt und die Landschaft repetitiver Elemente im Genom europäischer Süßwasserkrebsarten zu identifizieren und zu vergleichen. Ich werde die Karyotyp-Merkmale von Flusskrebsen durch eine Kombination von zytogenetischen Techniken und einem bioinformatischen Ansatz untersuchen. Durch den Vergleich von Karyotyp-Merkmalen zwischen eng verwandten Arten wird ein Einblick in evolutionäre Prozesse und chromosomale Umlagerungen gewonnen. Die Forschungsarbeiten werden dazu beitragen, das erste Referenzgenom der Astacidae-Familie auf Chromosomenebene zu erstellen.

Arbeitet im LOEWE TBG Projekt ‘MetaInvert’ an der funktionellen Analyse von Boden Invertebraten Genomen.

Dr. Gemma Collins ist Postdoc in der Gruppe und arbeitet am ‚MetaInvert‘-Projekt am Vergleich der Genome von über 250 individuellen, wirbellosen Bodenlebewesen. Dies beinhaltet sowohl funktionelle Analysen der Genome als auch die Evaluierung von Faktoren, die den Erfolg der Genomsequenzierung beeinflussen können. Eines der übergreifenden Ziele von ‚MetaInvert‘ ist es, eine repräsentative Ressource wirbelloser Bodenlebewesen in Deutschland zu generieren, die als Referenzdatenbank für die metagenomische Datenerfassung erstellt werden soll. Dr. Gemma Collins wird ebenfalls zu diesem Ziel beitragen.

Leitet die Forschung im Project ‘Metagenomics of soil invertebrate mock communities’ innerhalb des LOEWE TBG Projektes ‘MetaInvert’.

TBG-Project Miklos Balint and team

Doktorandin an der Universität Konstanz. Ihre Doktorarbeit findet in Kooperation mit dieser Arbeitsgruppe im Rahmen des PhytoArk Projekts statt.

Alexandra Schmidt arbeitet an dem Projekt ‚Metagenomics of soil invertebrate mock communities‘ als Master-Studentin mit. Ihr Ziel ist es, die Genauigkeit der Identifikation sowie die Möglichkeit der Schlussfolgerung von DNA-Sequenzen (‘reads’) auf die Biomasse der Organismen in metagenomischen Testgemeinschaften (‚Mock communities‘) von Bodeninvertebraten zu evaluieren. Als Referenzdatenbank werden Genominformationen des ‚MetaInvert‘-Projekts verwendet. Die ‘Mock-Ups’ decken ein breites Spektrum an taxonomischen Gruppen und Zusammensetzungen (Biomasseverteilung) ab. Mit dieser Forschung hoffen wir, zukünftige metagenomische Feldmonitoring-Projekte effizienter zu gestalten.

Als Teil meiner Doktorarbeit konzentriert sich meine Forschung auf die Wirts-Pathogen-Beziehung zwischen Aphanomyces astaci (dem Erreger der Krebspest) und verschiedenen Flusskrebsarten. In den letzten drei Jahren habe ich Infektionsexperimente durchgeführt, um Rückschlüsse auf die Virulenz von A. astaci und die Resistenz/Anfälligkeit der Krebse zu ziehen. Dies ermöglichte Rückschlüsse darauf, wie die Koevolution zwischen Wirt und Erreger die Ergebnisse der Interaktionen zwischen Krebsarten und A. astaci makroskopisch (Tod oder Überleben der Krebse) und aus molekularer Sicht (Immunantwort) geprägt hat und immer noch prägt. In den folgenden Monaten werde ich mich auf die Virulenzvariabilität von A. astaci-Stämmen konzentrieren, indem ich die Virulenz verschiedener Stämme durch (bereits durchgeführte) Infektionsexperimente, Bestimmung der Wachstumsgeschwindigkeit und der Anzahl der produzierten Sporen bestimme. Sobald die Virulenz anhand dieser Parameter bestimmt ist, werde ich die mögliche Korrelation zwischen Loci und Virulenz untersuchen, um Rückschlüsse darauf zu ziehen, ob die Varianz der Virulenz im Genom kodiert ist.