Die Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) hat sich zum Ziel gesetzt, Wissen, Daten und zugehöriges Material zu generieren und zu bewahren, und Informationen für Wissenschaft und Gesellschaft gemäß den FAIR data principles auffindbar, zugänglich, interoperabel und (wieder-)nutzbar zu machen. Forschungsdaten und wissenschaftliche Sammlungen sind die Grundlage unserer Forschung und das Ergebnis unserer wissenschaftlichen Arbeit. Um wissenschaftliches Arbeiten im Sinne guter wissenschaftlicher Praxis zu ermöglichen, muss die Erhebung, Speicherung, Pflege und nachhaltige Bereitstellung von Forschungsinformationen, Daten und Materialien nach anerkannten internationalen Standards erfolgen. Diese müssen hohen Ansprüchen genügen und den jeweiligen Standards im Fach Rechnung tragen.
In diesem Zusammenhang hat SGN eine besondere Verantwortung für Daten, die mit naturkundlichen Sammlungen verbunden sind, aber wir halten zunehmend auch andere Geobiodiversitätsdaten vor. Dabei beachten wir Datenschutz-, Urheberrechts-, Patent- oder Geheimhaltungsfragen, ethische Verpflichtungen wie die Einhaltung guter wissenschaftlicher Praxis im Umgang mit digitalen und nicht-digitalen Forschungsdaten sowie die Verantwortung für die Sicherstellung ihrer langfristigen Überprüfbarkeit und Wiederverwendbarkeit.
Grundlage dieser Leitlinie sind die folgenden Quellen:
● Die „OECD Principles and Guidelines for Access to Research Data from Public Funding“ ,
● Die „DFG-Empfehlungen zur Sicherung guter wissenschaftlicher Praxis“,
● die „Regeln zur Sicherung guter wissenschaftlicher Praxis an den Senckenberg Forschungsinstituten“, die „DFG-Praxisregeln für die Digitalisierung“ und die „Richtlinie zum Umgang mit Forschungsdaten in der Leibniz-Gemeinschaft“
● Der „Vorläufige Datenmanagementplan für die DiSSCo-Infrastruktur“
Als Unterzeichner der Bouchout-Deklaration hat sich Senckenberg verpflichtet, Forschungsdaten und digitale Ressourcen weitestgehend frei und offen im Einklang mit den FAIR-Datenprinzipien verfügbar zu machen. Der folgende Text definiert Senckenbergs Rahmen für Datenmanagementpläne von Forschungsrohdaten und Metadaten.
Der Wert von Daten liegt in ihrer Nutzung. Der vollständige und offene Zugang zu wissenschaftlichen Daten sollte als internationale Norm für den Austausch wissenschaftlicher Daten, die aus öffentlich finanzierter Forschung stammen, angenommen werden.
Forschungsrohdaten umfassen alle Daten und Datentypen, die während des Forschungsprozesses erzeugt oder gesammelt werden. Da diese Daten je nach Forschungsdisziplin und -methodik in unterschiedlichen Formaten und Medientypen vorliegen, z.B. in digitalen Datenbanken, digitalen Bildern und digitalen Bibliotheksarchiven, ist für ihre effektive Nachnutzung eine ausreichende Dokumentation der Umstände und Methoden ihrer Entstehung notwendig. Zu den Methoden gehört zunehmend auch Software für die Erzeugung, Verarbeitung oder Analyse von Daten. Daten können auffindbar und zugänglich, aber dennoch nicht wiederverwendbar und interoperabel sein, wenn die Datenformate nicht offenen Datenstandards folgen.
Datenformate sollten offen und nicht proprietär sein, so dass sie zwar maschinenlesbar sein sollen aber ohne dass spezifische, nicht offene Software für den Zugriff erforderlich wäre (d. h. Textdateien im Gegensatz zu Binärdateien). Textdateien sollten im UTF-8 kodiert sein. Im Folgenden finden Sie eine Liste von Richtlinien, die Senckenberg empfiehlt:
1. National Archives für eine sehr detaillierte Darstellung der Richtlinien des Nationalarchivs
2. ETH-Bibliothek für eine prägnante Zusammenfassung von Dateiformaten
Empfohlene Lizenzen sind Creative Commons Copyright Waiver (CC0) und Creative Commons By Attribution (CC-BY) oder gleichwertige Lizenzen.
Unter Metadaten werden hier beschreibende Daten für jede Art von Forschungsobjekt verstanden, wie z. B. reale Objekte wissenschaftlicher Sammlungen, Forschungsrohdaten, sowie beschreibende Daten für Forschungsprojekte. Metadaten sollten in englischer Sprache erstellt werden und einem entwickelten Metadatenschema folgen.
Dieses Schema sollte enthalten:
1. bibliografische Metadaten (ähnlich wie DataCite) einschließlich
Die SGN implementiert und unterhält eine Basisinfrastruktur für Forschungs- und Sammlungsdaten und stellt damit die adäquate langfristige Aufbewahrung und technische Verfügbarkeit (Auffindbarkeit und Interoperabilität) von Metadaten und digitalen Forschungsrohdaten sicher.
Die Speicherung und Archivierung der Daten selbst erfolgt in der Informationsinfrastruktur des SGN oder in externen, aber international anerkannten Fachrepositorien (siehe re3data.org). Externe Repositorien, die typisch für die von SGN generierten Datentypen sind, werden im Folgenden aufgeführt:
Projektleiter und andere selbstständig arbeitende Forscher sind in der Regel für das Forschungsdatenmanagement in ihren Forschungsprojekten verantwortlich. Sie sind insbesondere verpflichtet, die Einhaltung der guten wissenschaftlichen Praxis und der professionellen Standards sicherzustellen.
Forschungsprojekte, bei denen Forschungsrohdaten anfallen, benötigen einen Datenmanagementplan (DMP), in dem u.a. der Umfang der zu sichernden Daten sowie die Zugriffsrechte und -vorbehalte der Forschungsdaten festgelegt werden.
Die SGN berät zum Forschungsdatenmanagement in Forschungsprojekten von der Planung über die Durchführung bis hin zum Projektende. Auch die Gesellschaft für Biologische Daten (GFBio) steht beratend zur Verfügung.
Für den Zugang zu den Sammlungsdatenbanken der SGN ist ein Sammlungsportal eingerichtet worden. Für weitere Daten werden die DMPs zentral gesammelt. Das bedeutet, dass zu Beginn eines Projektes festgelegt wird, welche Daten gesammelt werden und wie diese langfristig archiviert werden.
Für die Metadaten gilt das grundsätzliche Ziel, sie für die Öffentlichkeit vollständig sichtbar zu machen. Ausnahmen von dieser Regel sind möglich, z.B. aus datenschutz- oder urheberrechtlichen Gründen, zum Schutz von Arten und personenbezogenen Daten und explizit zur Wahrung der wissenschaftlichen Interessen der Personen, die die Daten ursprünglich erzeugt haben.
Forschungsrohdaten werden langfristig gesichert und in der Regel über entsprechende Datenbankeinträge mit den zugehörigen Metadaten verknüpft. Um die eindeutige Identifizierung der Forschungsrohdaten weltweit zu gewährleisten, wird angestrebt, die Daten möglichst mit einem eindeutigen „Persistent Identifier“ zu versehen. Die Forschungsrohdaten sollen nach Abschluss ihrer Auswertung durch das sie erzeugende Projekt auch für die wissenschaftliche Gemeinschaft sichtbar gemacht werden. Dies soll so früh wie möglich, spätestens aber fünf Jahre nach Abschluss eines Projektes geschehen. Der Zugang zu den Originaldaten bedarf in der Regel der Zustimmung der Personen, in deren Projekten sie entstanden sind. Die Autoren können ein Embargo für die Nutzung der Daten verhängen, wenn sie noch nicht alle Analysen abgeschlossen haben und die Endergebnisse des Projekts noch nicht veröffentlicht sind.
Data Manager Ocean Biogeographic Information System (OBIS), Deep Sea Node, UNESCO
Chair Data Quality Control Task Team, OBIS
Research interests
I am interested in understanding the driving factors (ecological and evolutionary process) which shape the biodiversity patterns and biogeography in marine species (shallow and deep sea) using big data. In addition, I am interested in predicting how these biodiversity patterns and species distribution ranges will shift under future climate change. I am also the OBIS (Ocean Biogeographic Information System) deep-sea node data manager in UNESCO, specialised in managing big datasets, biodiversity data standards, and quality control tasks. To carry out my research, I use different skillsets and apply different methods and techniques such as taxonomy (morphology and molecular), phylogeny, biogeography, big-data management, biodiversity informatics, macroecology, and species distribution modeling and ecological modeling.
At the moment, I am leading projects in digitisation of museum collections, biogeography, biodiversity informatics using big-data at the regional (e.g. NW Pacific) and global scales. I also work for science-policy intergovernmental bodies such as IPBES (Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services) to provide fundamental information for biodiversity assessment reports in a response to policy makers to better understand the global status of biodiversity in the World Oceans and consequently to establish more efficient strategic management plans to maintain the Ocean Biodiversity.
Current research projects
Biogeography of the NW Pacific deep-sea fauna and their possible future invasions into the Arctic Ocean (Beneficial Project)
Estimating the global future shift patterns of shallow-water and deep-sea Crustacea
Biodiversity and biogeography of molluscs along the NW Pacific and the Arctic Ocean
Biodiversity and future distributions of corals along the NW Pacific and the Arctic Ocean
Biogeography of marine species richness and impact of climate change
IPBES thematic assessment of invasive alien species and their control
Student opportunities
Various research projects for postdocs, PhDs, MSc and BSc students as well as for short internships are available this year and all year round. These opportunities are mostly in the field of biogeography, ecology, biodiversity informatics, and ecological modeling. Further Postdoc and PhD projects can also be discussed and jointly developed. Please contact me for more details.
Teaching
I have more than 15 years of international experience in teaching and supervising students from high school to MSc. Programs.
Saeedi, H., Simoes, M., Brandt, A. (2020). Biodiversity and distribution patterns of deep-sea fauna along the temperate NW Pacific. Progress in Oceanography, 183: 102296. https://doi.org/10.1016/j.pocean.2020.102296.
Saeedi, H., Simoes, M., Brandt, A. (2019). Endemicity and community composition of marine species along the NW Pacific and the adjacent Arctic Ocean. Progress in Oceanography. Progress in Oceanography, 178: 102199. https://doi.org/10.1016/j.pocean.2019.102199.
Saeedi, H., Costello, M. J., Warren, D., Brandt, A. (2019). Latitudinal and bathymetrical species richness patterns in the NW Pacific and adjacent Arctic Ocean. Scientific Reports, 9:9303. https://doi.org/10.1038/s41598-019-45813-9.
Saeedi, H., Reimer, D. J., Brandt, J. M., Dumais, P. O., Jażdżewska, M. A., Jeffery, W. N., Thielen, M. P. (2019). Global marine biodiversity and prediction in the context of achieving the Aichi Targets: ways forward and addressing data gaps. Peerj, 7: e7221. https://doi.org/10.7717/peerj.7221.
Saeedi, H., Bernardino A. F., Shimabukuro M., Falchetto G., & Sumida P. Y. G (2019). Macrofaunal community structure and biodiversity patterns based on a wood-fall experiment in the deep South-west Atlantic. Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers, 145:73-82.
Saeedi, H. & Costello M. J. (2019). A world dataset on the geographic distributions of Solenidae razor clams (Mollusca: Bivalvia). Biodiversity Data Journal, 7:e31375. https://doi.org/10.3897/BDJ.7.e31375.
Saeedi, H., Kamrani, E., Shayesteh, F., Nordhaus, I., Diele, K., Raeisi, H. (2018). Sediment Temperature Impact on Population Structure and Dynamics of the Crab Austruca iranica Pretzmann, 1971 (Crustacea: Ocypodidae) in Subtropical Mangroves of the Persian Gulf. Wetlands, 38(3): 539–549.
Saeedi, H., Costello, M. J. and Dennis, T. (2017). Modelling present and future global distributions of razor clams (Bivalvia: Solenidae). Helgoland Marine Research, 70: 23.
Chaudhary, C., Saeedi, H., & Costello, M. J. (2017). Marine species richness is bimodal with latitude. Trends in Ecology and Evolution. 32(4): P234-237.
Saeedi, H., Costello, M. J. and Dennis, T. (2016). Bimodal latitudinal species richness and high endemicity in razor clams (Mollusca: Bivalvia). Journal of Biogeography. 44(3): 592–604.
Chaudhary, C., Saeedi, H., & Costello, M. J. (2016). Bimodality of latitudinal gradients in marine species richness. Trends in Ecology and Evolution, 3(9): 670-676.
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