Nach der kompletten Neuaufstellung der Sammlung 1998/1999 im Arbeits- und Sammlungsgebäude A.-B.-Meyer-Bau konnte erstmals seit 1885 eine Gesamtinventur vorgenommen und eine datenbankgestützte Inventarisierung begonnen werden. Demnach umfasst die paläobotanische Sammlung derzeit etwa 72.000 Katalogeinheiten Pflanzenfossilien mit etwa 350.000 Einzelbelegen, davon stammen noch etwa 120 Belege aus der frühen Periode zwischen 1740 bis 1840.
Darüber hinaus existiert noch zahlreiches, nicht katalogisiertes Rohmaterial aus den Geländearbeiten der zurückliegenden Jahre. Die Sammlung enthält etwa 250 Holotypen fossiler Pflanzenarten und etwa 7 Prozent des Bestandes kommt der wissenschaftliche Status eines Abbildungsoriginales in Fachpublikationen zu.
Leider weist der historische Bestand aus dem 19. Jahrhundert (Ära Geinitz) auch enorme Lücken auf. Zwar hat der überwiegende Teil der sächsischen, „vaterländischen“ Sammlung durch die umsichtige Auslagerung der Bestände 1943/44 den II. Weltkrieg unbeschadet überstanden, aber große Teile des nichtsächsischen Materials sind zerstört oder verbrannt.
Da die moderne Paläobotanik eine Wissenschaft an der Schnittstelle zwischen Geo- und Biowissenschaften ist und Rezentvergleiche in der Tertiärpaläobotanik unerlässlich sind, wurde in der Sektion auch ein Vergleichsherbarium aufgebaut, welches derzeit 8.500 Faszikeln umfasst. Dieses Herbarium wird vor allem durch die Sammeltätigkeit der Sektionsmitarbeiter ständig erweitert.
Derzeit sind etwa 15% des Bestandes an Pflanzenfossilien und 65% des Bestandes an Herbarmaterial in der Datenbank CUSDOS 2000 Paläobotanik erfasst (ca. 17.500 Katalogeinheiten).
Durch die Anwendung der Hauptuntersuchungsmethode für die tertiären Pflanzenfossilien, der Kutikular-Analyse, ist im Laufe von Jahrzehnten eine der europaweit umfangreichsten Sammlungen fossiler und rezenter Kutikularpräparate entstanden. Sie umfasst zurzeit 20.000 Mikro-Präparate. Darüber hinaus existiert eine cleared leaf-Sammlung („gläsernes Herbar“) und eine Sammlung von Schnittpräparaten (Mikrotomie) fossiler Pflanzenteile.