Die Senckenberg Sammlungen frei im Boden lebender Nematoden und Tardigraden hat ihren Beginn im Mai 1998. Zu nennenswerten Sammlungsbeiträgen kam es aber erst ab Januar 2009 mit der Einrichtung der Sektion Nematoda. Im Juli 2020 enthalten die beiden Referenzsammlungen über 5.000 Nematoden und mehr als 2.000 Tardigraden als Dauerpräparate. Die Nematoden wurden in Glycerin, die Tardigraden in Faure oder (selten) Hoyer Medium eingebettet. Alle Tiere entstammen bodenökologischen Projektarbeiten der Sektion. Der Sammlungsschwerpunkt liegt in Deutschland und Nachbarländern, für die Nematoden außerdem in der maritimen Antarktis.
| Nematoda | 5241Dauerpräparate auf 4922 Objektträgern, ca. 300 Arten, 120 Gattungen |
| Tardigrada | 2275 Dauerpräparate auf 1224 Objektträgern 26 Arten, 15 Gattungen |