Der wissenschaftlich bedeutendste Teil der Frankfurter Sammlung umfaßt mit ca. 22.000 Taxa in rund 340.000 Serien die terrestrischen und limnischen Mollusken, speziell die Landschnecken, die vor allem den Weltruf dieser Sammlung begründen.
Besondere Schwerpunkte
Europa: herausragend sind die Sammlungen E. A. Rossmässler (1806-1867) mit den Belegen zu seiner grundlegenden „Iconographie der Land- und Süßwasser-Mollusken“ (1835-1859) und die von P. Ehrmann (1868-1937) mit den Belegen zur „Tierwelt Mitteleuropas“. Die Sammlungen von W. Kobelt (1840-1916), O. Boettger (1844-1910) und K. L. Pfeiffer (1874-1952) sind reich an Belegen zu zahlreichen Publikationen über ganz Europa, vor allem aber über Südeuropa und die Kaukasusregion. Auch die Inselgruppen Madeira, Kanaren, Kapverden sind ausgezeichnet repräsentiert. Die Balkanländer und speziell die Türkei waren Arbeitsschwerpunkte des ehrenamtlichen Mitarbeiters H. Schütt (1923-2009), dessen Sammlung mit ca. 3.000 Arten und rund 17.000 Serien 2010 als Vermächtnis in den Besitz Senckenbergs überging.
Philippinen: dank der monographischen Bearbeitungen der Landschnecken durch O. F. v. Moellendorff (1848-1903) besitzt das Senckenberg von diesen Inseln die wohl weltweit größte und vollständigste Sammlung. Angesichts der akuten Bedrohung der Fauna infolge Umweltzerstörung hat diese eine besondere Bedeutung.
Asien und Pazifikraum: große Belegsammlungen von China, Japan, Indochina, den Karolinen, Neuguinea und den Molukken; sehr wichtig ist die Süßwassermollusken-Fauna Thailands, Grundlage der Monographie von R. Brandt (1974).
Arabien: Arbeiten des ehrenamtlichen Mitarbeiters E. Neubert machen speziell die Sammlung der endemischen Landschnecken von Sokotra (Jemen) zur besten ihrer Art. Neben diesen Schwerpunkten sind weit überdurchschnittlich repräsentative Bestände auch aus Afrika, Nord- und Südamerika sowie von Australien vorhanden.
In systematischer Hinsicht stechen verschiedene Sammlungsteile hervor, z. B. die Sammlung der Süßwassermuscheln (Unionida). Diese hat F. Haas (Kustos von 1910-1936) durch seine Arbeiten zu einem der größten und wissenschaftlich bedeutendsten Bestände der Welt gemacht. Hier decken Belege sämtlicher europäischer Arten fast alle Gewässersysteme Europas ab. Unter dem reichen Material nordamerikanischer und asiatischer Arten finden sich zahlreiche inzwischen ausgerottete oder akut bedrohte Arten.
Einen kleinen Einblick in die Sammlung der Süßwassermuscheln gibt die Najaden-Serie des Monats.
Die Schließmundschnecken (Clausiliidae) sind mit dem weltweit größten sowie typen- und artenreichsten Bestand vertreten, der dank der fortwährenden Bearbeitungen durch den ehrenamtlichen Mitarbeiter H. Nordsieck in außergewöhnlicher Weise bereichert wird. Sammlungen von herausragender Bedeutung besitzt das Institut auch von zahlreichen Schneckengruppen, darunter die Cyclophoroidea (Landdeckelschnecken), limnische Rissooidea (Kleinschnecken, vielfach aus Karstgewässern und Quellen), Helicoidea (Schnirkelschnecken), afrikanische Riesenschnecken (Achatinidae), südamerikanische Bulimulidae.
Die Abteilung der terestrisch-limnischen Mollusken beinhaltet neben den schon genannten unter anderem auch die Sammlungen folgender bedeutender Autoren: C.R. Boettger, H.G. Bronn, H.V. Ihering, S.H. Jaeckel, H. Kaltenbach, G. Nägele, H. Nordsieck, K.L. Pfeiffer, O. Reinhardt, R. Schlickum, H. Schütt, A. Zilch.