1995 wurde die Grube Messel als erstes deutsches Naturdenkmal zum UNESCO-Welterbe. Die Fossilienfundstätte gibt Aufschluss über Säugetiere der frühen Evolution und leistet damit einen maßgeblichen Beitrag zur Forschung Senckenbergs. Bereits in den 70er Jahren hatte Senckenberg intensiv in Messel gegraben und mit bedeutenden Funden wie dem Urpferdchen den Wert der Fundstätte belegt.
Als erfahrene Partnerin in Sachen Messel gilt die Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung (SGN) seit 1991 als Betreiberin des UNESCO-Welterbes und trägt zur Erhaltung der Grube als einzigartige Fossilienfundstätte bei.
Die Messeler Urpferde sind die wohl bedeutensten Funde der Grube Messel. Mittlerweile wurden mehr als 70 Skelette ausgegraben, darunter ebenfalls schwangere Stuten sowie Fohlen.
Die Forschung seitens der Abteilungsleitung zielt darauf ab neben dem Fokus auf die Fossilienfundstätte Grube Messel weitere terrestrische Vorkommen aus der Zeitscheibe des Eozäns einzubeziehen. Das Eozän, 56-34 Mio Jahre, ist für geobiologische Fragestellungen von Bedeutung, da in dieser Zeit letztmalig weltweit ein gleichmäßig warmes Klima herrschte. Es dürfte somit dem für unsere Zukunft prognostizierten „Treibhausklima“ nahekommen. Fauna und Flora sind in systematischer wie ökologischer Hinsicht mit den heutigen vergleichbar. Ziel der Erforschung zusätzlicher Fossilienfundstätten sind die Erweiterung der Datenbasis für die Analyse der paläobiogeographischen, regionalen ökosystemaren und paläoklimatischen Differenzierungen.
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