Im Zuge der Angliederung der Weimarer Quartärpaläontologie an das Forschungsinstitut Senckenberg wurde im Jahr 2000 zunächst die Sektion Quartäre Pflanzen gegründet. Damit konnten die Traditionen Weimarer paläobotanischer Forschung, die ihren Ursprung in den zahlreichen Pflanzenresten der Travertinfundstellen Thüringens findet, wieder aufgenommen werden.
Mit der Einrichtung einer weiteren paläobotanischen Sektion in Weimar (Quartäre Makrofloren) erfolgten im Jahr 2008 die Umbenennung der Sektion Quartäre Pflanzen in Quartäre Mikrofloren sowie die wissenschaftliche Fokussierung auf palynologische Themen.
Die Forschungsarbeiten innerhalb der Sektion Quartäre Mikrofloren konzentrieren sich auf hochauflösende pollenanalytische Untersuchungen an jahreszeitlich geschichteten Seesedimenten vornehmlich aus dem eurasischen Raum. Die Untersuchungen ermöglichen die Rekonstruktion kurz- bis mittelfristiger Klimavariationen und deren Auswirkungen auf die Pflanzenwelt. Sie liefern wichtige Basisdaten für die Klärung aktueller paläoökologischer Fragestellungen (z. B. Differenzierung anthropogener und klimatischer Einflüsse auf die Vegetation, Vegetationsdynamik, Biostratigraphie des Jungquartärs). Ziel ist überdies eine unabhängige überregionale Vernetzung der Befunde mittels präziser Chronologien, sodass sich lokale Änderungen von Klima und Vegetation im Kontext nordhemisphärischer bzw. globaler Klimaschwankungen betrachten lassen – eine wesentliche Grundlage zur Aufdeckung der dem Klimasystem zugrunde liegenden Steuermechanismen.
Die in dieser Sektion durchgeführten Projekte sind dem Senckenberg Forschungsbereich FB III Biodiversität und Klima zugeordnet.
Die in der Sektion betreute palynologische Sammlung umfasst derzeit etwa 1.700 rezente Vergleichstaxa sowie fossile Pollenfloren aus diversen limnischen Sedimentsequenzen (u. a. Lac Pavin, Sihailongwan Maar, Mytina Maar, Lonar-Krater).
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